ワープドライブ・キーを探せ！～オオスナフラシをたおせ！

キャプテンと合流後、ワープキーを求めて始まりの森へ。

始まりの森でオニヨンから橋をわたって右側へ行った所で、3人で2人を投げると先に進める場所がある。
（まずは2人を投げて、その足場でその内の1人を更に先へと投げる。）

3人のうち1人を先へ渡らして足場をピクミンで下ろして、3人が合流して先へと進む。

先に進んだエリアで発見した通信端末を持ち帰ろうとすると、「オオスナフラシ」と戦闘に。

このオオスナフラシは、これまでのボスの原生生物の中でもだんとつの強敵。

オオスナフラシの基本的な行動パターンは、地面に潜った後に顔を突き出して岩を口から吐き出してくるか、砂に潜って吸い込んでくるかのどちらか。

岩に当たるとピクミンは砂に埋もれてしまい、抜かないと動けなくなる。
吸い込みは吸い込まれてしまうとピクミンは死んでしまう。

オオスナフラシにダメージを与えるには、基本的には顔を出して岩をはいている所をピクミンで攻撃をするしかないのだが、チャンスが僅かしかないため、効率良くダメージを与えることは難しい。

オオスナフラシに最も効率よくダメージを与える方法は、爆弾岩を呑み込ませる方法。
砂で吸い込んでいる時に爆弾岩を投げて呑み込ませると、大きなダメージを受けた上に、地上に飛び出してきてしばらく無防備な状態となる。

ただ、残念なことにボスバトルのエリアで爆弾岩は調達できないため、外のマップから調達してくるしかない。

爆弾岩は、オオスナフラシのボスエリアの入り口に入る近くの穴から調達できる他、オオスナフラシに与えたダメージは、日をまたいでも蓄積できるため、なるべくピクミンの被害なくオオスナフラシを撃破する場合、爆弾を投げてダメージを与えた後、一度マップから出て爆弾を調達してきてから再度ダメージ。
そして、爆弾がなくなるか時間が少なくなった場合、一旦帰還して、日をまたいで再度マップに訪れると、爆弾岩を再度入手できる他、オオスナフラシのダメージも蓄積されている。

オオスナフラシを倒して通信機器を宇宙船まで持ち帰る。

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