モントナー

3ds版の新要素の１つが「モントナー」。

自分好みにデザインした、自分だけのモンスターである「モンスターパートナー」、通称「モントナー」を作ることができる。

モントナーとは、頭、体、腕、背中といった部位ごとに用意された、さまざまなパーツから自由に組み合せてデザインが可能な他、色も変更することが可能。モントナーの見た目を変更したい場合、ゲーム中で入手できるアイテム「モントナーの宝珠」を使うことで変更が可能。

モントナーはただ連れて行くだけでなく一緒に戦って強くなっていく他、配合によって別のモンスターの能力を受け継がせることも可能。
モントナーを親にして配合を行うと、子供のモンスターも必ずモントナーになり、見た目はそのまま引き継がれる。

モントナーは他のモンスター同様に、配合を繰り返すことでプラス値が付与されていき基本ステータスも上昇する。また、配合を繰り返してプラス値が一定値を超えると、新たな特性が解放される。
（+25で「回復のこつ」のとくせいが発動し、回復系のスキルの消費MPが半分になる他、+50で特性「ラッキー」が解放される。）
また、モントナーのみが習得できるスキル「モントナー」を最大までスキルポイントを割り振った状態で配合をさせると、配合時に新スキル「最強モントナー」を習得することができる。
「最強モントナー」は超G級モンスターの固有スキルと配合することで「究極モントナー」に進化する。

また、モントナーは超Gサイズのモンスターと新生配合をすることで、他のモンスターは引き継ぎできないとくせい「超ギガボディ」を引き継ぎすることも可能。超G級モンスターは特殊配合で作成できる他、裏ストーリークリア後は「マンモデウス」「リバイアさま」「オリハルゴン」の3体はスカウトして仲間にすることも可能。

また、裏ストーリークリア後には2体目のモントナーが入手できる。