オンライン通信対戦

3ds版の本作では、ローカル通信での友達との対戦、交換の他に、オンライン通信機能で全国の対戦相手と対戦することが可能。

ローカル通信

ローカル通信で通信しているプレイヤーと対戦ができる。
一対一での対戦の他に、最大8忍までの参加者で競う総当り+決勝戦形式の対戦も可能。

また、ローカル通信では一部のモンスターを除き、持っているモンスターの交換ができる。

Wi-fiランキングバトル

前作のテリーと同様に、Wifi通信機能で、「めざせ最強！マスターズGP」と、「ルール限定！チャレンジャーズGP」の2種類の通信対戦で遊ぶことができる。

基本となる流れとしては、ランダムに選ばれた全国のプレイヤーのパーティ３組と対戦するホーム戦と、自分のパーティのデータが他のプレイヤーの3ds上に登場して自動的にバトルするアウェー戦がある。
どちらの結果も自分の勝ち点として成績に加わる。
最終的なランキングによって、アイテムやモンスターを入手することができる。

また、Wi-fiバトルのルールは一部変更になっている。
モンスターがバトルで武器を装備できるようになっている他、試合中のモンスターたちの行動が「ジャッジポイント」として加算されていく。このジャッジポイントは、最終ラウンドで引き分けになっった場合の判定時の基準となる。